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AA 2010/2011

Docente:
Prof. Giorgio Valle

Esercitazioni:
Andrea Telatin

Analisi del genoma di un batteriofago

Prima di addentrarci nella complessità dei genomi eucariotici, proviamo a fare un progetto di biologia molecolare... al computer.

Create un nuovo documento usando "OpenOffice", nel quale appunterete passo passo lo svolgimento del vostro progetto. Alla fine dell'esercitazione inviate una mail ad andrea.telatin@unipd.it allegando il file (ricordate di mettere il vostro nome/cognome).
La capacità di scrivere un report ordinato, leggibile, sintetico ed esauriente vi permette di tener traccia delle analisi che farete di continuo quando lavorerete in un progetto. Verrete valutati anche e soprattutto sulla qualità dei vostri report, prima che sui risultati ottenuti.
Suggerimento: salvate spesso il vostro lavoro!

1. Cercate nei database dell'NCBI la sequenza del genoma del batteriofago 'lambda'. Appuntate nel documento il codice di accesso della sequenza, e salvate il file con il genoma in formato FASTA nella vostra home chiamandolo 'lamda_genome.fasta'. Attenzione: il file del genoma deve essere testo semplice e non un documento in formato Word od OpenOffice, pertanto vi conviene manipolarlo con l'Editor di Testo (Text Editor) che trovate fra gli Accessori nel menu Applicazioni.

2. Eseguite una digestione virtuale con gli enzimi EcoRI ed HindIII. Quello che volete ottenere è una mappa con i siti di taglio ed un file in cui siano presenti tutte le sequenze ottenute.

a) Per ottenere l'immagine con evidenziati i siti di restrizione visitate i tools nel sito della NEB (un importante fornitore commerciale di enzimi). Ecco un esempio del risultato richiesto:

Restriction map example

b) Per quanto riguarda le sequenze prodotte dalla digestione potete usare tools on line, ma anche procedere manualmente! (aiutandovi con la mappa). L'editor di testo, considerando il modesto numero di siti di taglio, può andare bene.

L'ideale è che otteniate un file in formato multi fasta chiamando ogni sequenza "numero-estremità1-estremità2", ad esempio "8-Hind-Hind". Salvate il file chiamandolo "lamda-digested.fasta". Aggiungete il testo della sequenza anche nel documento/relazione che state producendo.

3. Scegliete un frammento fra quelli ottenuti. Identificate tutte le ORF in esso presenti e salvatene una chiamandola "unknown_protein.fasta". In questo caso sarà la sequenza aminoacidica ad essere salvata.

4. Effettuate un protein blast e provate ad identificare la ORF che avete individuato. Oltre al genoma di lamda, ci sono altri genomi che contengono una proteina simile?

Inviate il risultato... e fate una piccola pausa prima di fare la seconda parte [opzionale].

Passiamo agli eucarioti...

  1. Che tools useresti per studiare gli splicing e gli splicing alternativi? Ne ricordi alcuni dai corsi di bioinformatica (es: AceView)? Ne hai trovati tramite Google?
  2. Recupera alcune informazioni su una di queste due proteine: la calcitonina e l'α-tropomiosina, comprendendo il locus del genoma umano che le codifica e la loro struttura genica in termini di introni ed esoni. Ci sono isoforme di rilievo?
  3. Salva le informazioni (eventualmente con immagini) nel documento

 

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Nome e Cognome dei componenti - nome del PC
Data

Biologia Molecolare II - Prima esercitazione di bioinformatica

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