Corso 2010/2011

Le vostre tesine

Docente:
Prof. Giorgio Valle

Esercitazioni:
Andrea Telatin

Laboratorio di Biologia Molecolare II

Introduzione

Lo scopo di questa esercitazione è avvicinare gli studenti ad un approccio in silico per l'analisi dei geni. In particolare due fenomeni (la regolazione genica e lo splicing) che sono stati oggetti del corso verranno analizzati con tecniche bioinformatiche.

Il laboratorio consiste in alcune esercitazioni mirate in aula ed in un progetto da portare avanti individualmente da consegnare entro il 5 dicembre. Sono previsti alcuni pomeriggi in aula bioinformatica (ex-taliercio, al Paolotti) per presentare alcuni strumenti utili per portare a termine il progetto.

Date laboratori

16 nov -(a) Un piccolo esercizio per riprendere ad usare i tools bioinformatici: analizziamo in silico il genoma di un famoso batteriofago.

18 nov -(a) Visualizzazione di un cromatogramma, ricerca di polimorfismi, analisi degli SNP di una popolazione.

19 nov - (a) Assegnazione mini-report individuale / di gruppo. (b) Analisi approfondita dei polimorfismi in regioni codificanti (c) Allineamenti ed analisi di SNPs dagli stessi

23 nov (8.30-9.15) - Analisi di sequenze regolatorie con metodi bioinformatici. Discussione delle difficoltà e dimostrazione pratica sul "futility theorem". (vedi review di Wasserman & Sandelin)
Piccolo sunto della discussione fatta in classe (file PDF), in caso di dubbi potete contattarmi.

26 nov - La tesina che vi viene richiesta consiste nella produzione di un sintetico tutorial sulla risorsa specificata, in cui spiegare passo passo le informazioni ottenute e come ottenerle. È gradita e talora necessaria la presenza di screenshots, quando serve commentati e annotati con frecce e box che ne evidenzino le porzioni di rilievo. lista degli argomenti delle tesine.

2 dic (mattina) - Test sul laboratorio