FACOLTA' DI SCIENZE MM. FF. NN.
Università degli studi di Padova
Laurea di primo livello in Biologia Molecolare
       
Insegnamento INFORMATICA e BIOINFORMATICA
(parte Bioinformatica)

Docente: Prof. Ivano Zara;
Didattica di supporto Dott.ssa Chiara Gardin

Parte Informatica Docenti: Prof.ssa Maria Silvia Pini, Prof. Ivilin Stoianov

Esami

Appello di fine corso

21/06/2011
h. 11.00/14.00
aule A e D pt

I Appello di recupero

07/07/2011
h.11.00/13.00
aula C pt

II Appello di recupero 19/07/2011
h.11.00/13.00
aula A pt
III Appello di recupero

31/08/2011
h.11.00/13.00
aula G pr

IV Appello di recupero 14/09/2011
h.11.00/13.00
aula G pr


Calendario delle lezioni (anno accademico 2010-2011)
Complesso didattico "Vallisneri" Via Colombo, 3
Aula G Pr
Giorno
Lezione
Argomenti trattati
lezioni in PDF
 
Giovedì   14 aprile

Lezione 1

10.30-11.15

Introduzione alla bioinformatica

Archiviazione dati

- Dispensa I
Giovedì   28 aprile

Lezione 2

10.30-11.15

Database: organizzazione, formato

flat-file, tabelle, database relazionali



- esercizio DB dischi musicali
- Dispensa II
Martedì   3 maggio

Lezione 3

9.30-10.15

Database biologici, ricerche nei database ENTREZ EMBL-EBI.
Struttura di articoli scinetifici, MedLine, Mesh, PubMed.

** Riassunto dispense I e II **
- Dispensa III

Esercizio traduzione
Giovedì   5 maggio

Lezione 4

10.30-11.15

Introduzione alle principali molecole biologiche.
Acidi nucleici e proteine, costituzione e loro rappresentazione.
Cenni su duplicazione del DNA, trascrizione e traduzione.
Sequenze codificanti, 5'UTR, 3'UTR e cenni su promotori.
Il codice genetico.
Martedì   10 maggio

Lezione 5

9.30-10.15

Esoni, introni, cenni su splicing degli introni e splicing alternativo.
Traduzione in silico.
Seqeunziamento DNA e assemblaggio
- Dispensa IV

Sample GenBank Record
Giovedì   12 maggio

Lezione 6

10.30-11.15

Introduzione ai Database primari (GenBank, EMBL, DDBJ). Sistemi di interrogazione dati (ENTREZ, SRS).
Interrogazione al database 'Nucleotide' e lettura dei relativi dati ottenuti.
Struttura di un record 'Nucleotide' (campi principali e cross-link ad altri database).
Giovedì   19 maggio

Lezione 7

10.30-11.15

Database derivati: RefSeq, Unigene, Gene.
Cenni sui domini proteici e relativo database Pfam.
database OMIM (malattie genetiche); Gene Ontology, HUGO, Taxonomy.
Ricerca per similarità.
cenni su evoluzione genica (duplicazione e mutazioni puntiformi, delezioni, inserzioni).
Omologia e geni omologhi, analogia e similarità. Visualizzazione di allineamenti grafici di interi genomi (Genome Browser). 
Allineamento di sequenze: programmi grafici (Dot Matrix).
programmi che usano algoritmi di ricerca: criterio di similarità, score e cenni sulle matrici di sostituzione.  

** Riassunto dispense III e IV **
- Dispensa V
Giovedì   26 maggio

Lezione 8

10.30-11.15

Allienamento globale e locale.
Ricerca di similarità di sequenze all'interno di dabatase.
Blast (blastn, blastp, blastx, tblastx).
Allineamento di sequenze con Blast online (analisi dei dati che si ottengono).
Cenni su multiallineamento (ClustalW).

** Riassunto dispensa V **

 
Giovedý 9 giugno

Esercizitazione

10.30-11.15

** semplice bozza di esercizi **

 
 

 

Didattica di supporto
Dott.ssa Chiara Gardin

Aula Bioinformatica 'Ex Taliercio' presso il Dipartimento di Matematica raggiungibile da via Belzoni o via Paolotti


Studenti suddivisi per turno

link alle esercitazioni

Giorno
Turno
Esercitazione
Giovedì 12 maggio
14.15-18.15
turno A
Esercitazione 1
Venerdì 13 maggio
14.15-18.15
turno B
     
Giovedì 19 maggio
14.15-18.15
turno B
Esercitazione 2
Venerdì 20 maggio
14.15-18.15
turno A
     
Giovedì 26 maggio
14.15-18.15
turni A e B
Esercitazione 3
     
Venerdì 10 giugno
14.15-18.15
turno A e B
Esercitazione 4