FACOLTA' DI SCIENZE MM. FF. NN.
Università degli studi di Padova
Laurea di primo livello in Biologia Molecolare
       
CORSO INFORMATICA e BIOINFORMATICA
(parte Bioinformatica)

Docente: Prof. Ivano Zara;
Didattica di supporto Dott.ssa Chiara Gardin



Esami
appello fine trimestre
15/06/2009 – h.13.00/16.00
aule D e F piano rialzato.

risultati esame
Registrazione 05/07/2010 aula E pt ore 10.00
I appello recupero
05/07/2010 – h.9.00/12.00 – aula E pt
.
II appello recupero
19/07/2010 – h.9.00/12.00 – aula A pt
.
III appello recupero
02/09/2010 – h.14.00/17.00 – aula B pt
.
IV appello recupero
16/09/2010 – h.14.00/17.00 – aula B pt
.



Calendario delle lezioni (anno accademico 2009-2010)
Complesso didattico "Vallisneri" Via Colombo, 3
Aula G Pr
Giorno
Lezione
Argomenti trattati
lezioni in PDF
 
Giovedì   8 aprile

Lezione 1

09.30-10.15

Introduzione alla bioinformatica

Archiviazione dati

- Dispensa I
Giovedì   15 aprile

Lezione 2

09.30-10.15

Database: organizzazione, formato

flat-file, tabelle, database relazionali



- esercizio DB dischi musicali
- Dispensa II

Nuova diapositiva 8 (II dispensa)
Giovedì   22 aprile

Lezione 3

09.30-10.15

Database biologici, ricerche nei database ENTREZ EMBL-EBI.
Struttura di articoli scinetifici, MedLine, Mesh, PubMed.
Introduzione alle principali molecole biologiche.

- Argomenti dispensa I e II
.
Giovedì   29 maggio

Lezione 4

09.30-10.15

Le principali molecole biologiche: proteine e acidi nucleici, costituzioe e loro rappresentazione.
Cenni su duplicazione del DNA, trascrizione e traduzione.
Cenni su gGenomi e genomica, eEsoni, introni, splicing degli introni, splicing alternativo e promotori.
Il codice genetico.
- Dispensa III


- Esercizio traduzione
Giovedì   06 maggio

Lezione 5

09.30-10.15

Traduzione in silico.
Introduzione ai Database primari (GenBank, EMBL, DDBJ).Sistemi di interrogazione dati (ENTREZ, SRS).
Interrogazione al database 'Nucleotide' e relativi dati ottenuti.
Struttura di un record 'Nucleotide' (campi principali e cross-link ad altri database).


Sample GenBank Record
- Dispensa IV
Giovedì   13 maggio

Lezione 6

09.30-10.15

Database derivati: RefSeq, Unigene, Gene.
Cenni sui domini proteici e relativo database Pfam.
database OMIM (malattie genetiche); Gene Ontology, HUGO, Taxonomy.
Ricerca per similarità.
cenni su evoluzione genica (duplicazione e mutazioni puntiformi, delezioni, inserzioni).
Omologia e geni omologhi, analogia e similarità.

- Argomenti dispensa III e IV
- Dispensa V
Giovedì   20 maggio

Lezione 7

09.30-10.15

Visualizzazione di allineamenti grafici di interi genomi (Genome Browser). 
Allineamento di sequenze: programmi grafici (Dot Matrix).
programmi che usano algoritmi di ricerca: criterio di similarità, score e cenni sulle matrici di sostituzione.  
- bozze di esercizi
Giovedì   27 maggio

Lezione 8

09.30-10.15

Allienamento globale e locale.
Ricerca di similarità di sequenze all'interno di dabatase.
Blast (blastn, blastp, blastx, tblastx).
Allineamento di sequenze con Blast online (analisi dei dati che si ottengono).
Cenni su multiallineamento (ClustalW).

- Argomenti dispensa V
 
Giovedě 3 giugno

Esercizitazione

09.30-10.15

   

 

Didattica di supporto
Dott.ssa Chiara Gardin

Aula Bioinformatica 'Ex Taliercio' presso il Dipartimento di Matematica raggiungibile da via Belzoni o via Paolotti

link alle esercitazioni
Giorno
Turno
Esercitazione
Venerdì 07 maggio
14.15-18.15
turno A
Esercitazione 1
Mercoledì 12 maggio
14.15-18.15
turno B
     
Venerdì 14 maggio
14.15-18.15
turno A
Esercitazione 2
Martedì 18 maggio
14.00-18.00
turno B
     
Venerdì 21 maggio
14.15-18.15
turni A e B
Esercitazione 3
     
Venerdì 28 maggio
14.15-18.15
turno A e B
Esercitazione 4
     

 

Turno A Venerdì 7 maggio e Venerdì 14 maggio
  Cognome Nome mat.
1 ALBA LISA 609428
2 ALLEVA CLAUDIA 610255
3 CALABRETTO GIULIA 610171
4 CANDIDO ELENA 609810
5 CASSON ROBERTA 609573
6 CATELAN ENRICO 613945
7 CIMBRO GIADA 622064
8 CLOCCHIATTI ANNA 609626
9 CODATO ROBERTA 610216
10 CUCCO GIULIA 609243
11 FERRARINI FEDERICA 609536
12 FORNASIER MARCO 599908
13 FURLANIS ELISABETTA 612367
14 LAVINI GIULIA 609232
15 LAZZARINI GIULIO 594383
16 LIBELLI SOFIA 595642
17 LORENZON GIULIA 610003
18 LOSA MARIACHIARA 598836
19 LUISE DORA 610192
20 LUNARDI TOMMASO 614043
21 LUPO MARIA GIOVANNA 593751
22 NECCI MARCO 598542
23 PAOLINI VALENTINA 609908
24 PEROLI SILVIA 610197
25 PERON MARGHERITA 574821
26 PIZZOL ANGELA 609658
27 PLATINO ERIKA 602256
28 POLETTO MASSIMO 487676
29 PORETTO ANNA 610199
30 PRANDONI MICHELA 537042
31 SARTORI ANNA 610025
32 SCANFERLA VALERIA 612086
33 SCARPARI BENEDETTA 610161
34 SMITH ANGELO LOUIS 563584
35 SPEGGIORIN MICHELE 606136
36 STEFANI ANNA 619683
37 TAMMARO MARTINA 595331
38 TESSARIN GIOVANNI 610149
39 TORTORA DAVIDE 576154
40 TOSELLO CARLOTTA 562732
41 VANZO RICCARDO 609486
42 VELJIC MARIJA 579000
43 VENTURINI KATIA 621686
44 VICENZI ALESSANDRA 609349
       
45 MICCICHE' FLAVIA 624684
46 ROMERES ELISA 594820
47 BERTOLINI ENRICO 594681


Turno B Mercoledì 12 maggio e Martedì 18 maggio
  Cognome Nome mat.
1 BACELLE MARIA LAURA 616684
2 BALLIN GIOVANNI 618535
3 BARRO CHRISTIAN 609825
4 BASSO ANDREA 609940
5 BATTISTELLO ELENA 610146
6 BOLDRIN ELENA 609904
7 BORGHETTO GLORIA 610112
8 BORTOLINI ISABEL 621595
9 BOZ ELISABETTA 582025
10 BOZZOLAN CARLO 610169
11 BURATO SARA 609890
12 BUSETTO VIRGINIA 609770
13 BUSTREO VERONICA 610121
14 D'AVANZO NICOLO 602304
15 DA RE GIADA 595335
16 DAL BO DAVIDE 609777
17 DE ANGELIS GIULIA 610201
18 DE FAVERI FRANCESCA 609583
19 DE GENNARO ELENA 613049
20 DE POLO STEFANO 611302
21 DE TOMASI LARA 610036
22 DEL ROSSO MARIA NURMI 610177
23 DOTTI NICOLE 583361
24 GALVANI MARTA 612558
25 GHIOTTO LISANNA 609273
26 GIRARDI LAURA 609547
27 GOBBO ERIK 609301
28 GOBBO GIORGIA 610268
29 MARCHETTO GIULIA 614880
30 MATTEVI MARIA CHIARA 615227
31 MATTIOLI NICOLE 594653
32 MAZZA GIULIA 563975
33 MAZZI STEFANIA 614515
34 MAZZOCCA MATTEO 619782
35 MENEGUZZO ALBERTO 620272
36 MOLARO SILVIA 610206
37 MORO ALESSANDRO 609936
38 RANDON ANNACHIARA 602240
39 RIZZA FABIO 609778
40 ROSATI ELISA 612142
41 ROSSO VALERIA 595431
42 RUSSO MARCO 610017
43 ZACCARELLI ALESSIA 609500
44 ZANELLA FILIPPO GIACOMO 612790
45 ZILIO ALESSIA 609910
       
46 MELCARNE CLAUDIA 611523
47 PORTACE DIMITRI 600519
48 PAGLIARI MATTEO 599405
49 SCHIAVETTI SARA 594565
50 CINELLI MATTIA 590364