FACOLTA' DI SCIENZE MM. FF. NN.
Università degli studi di Padova
Laurea di primo livello in Biologia Molecolare
       
INSEGNAMENTO DI INFORMATICA e BIOINFORMATICA
(parte biologica)

Docente: Ivano Zara


Esami
appello fine trimestre
19/06/2009 – h.9.00/12.00
aule D e E pt
Risultati esame appello del 19 giugno

La registrazione dell'esame e l'eventuale consultazione dei compiti svolti, sarà effettuata contestualmente al I appello di recupero, il 2 luglio alle ore 14.30 in aula A p.t

Nota: Gli studenti con 'integrazione orale su database diologici' dovranno, il 2 luglio, prima della eventuale registrazione dell'esame, rispondere ad alcune domande inerenti il contenuto dei principali database biologici trattati durante il corso.
Contattare il docente Ivano Zara per eventuali altre spiegazioni

I appello recupero
02/07/2009 – h.14.00/17.00
aula A pt
. Risultati esame appello del 2 luglio
La registrazione dell'esame e l'eventuale consultazione dei compiti svolti, sarà effettuata contestualmente al II appello di recupero, il 16 luglio alle ore 10.00 in aula E p.r

Per altre necessità contattare direttamente i docenti.
II appello recupero
16/07/2009 – h.9.00/12.00
aula E pr
.
III appello recupero
28/08/2009 – h.9.00/12.00
aula E pr
.
IV appello recupero
11/09/2009 – h.9.00/12.00
aula E pr
.


Calendario delle lezioni (anno accademico 2008-2009)
Complesso didattico "Vallisneri" Via Colombo, 3
Aula G Pr
Giorno
Lezione
Argomenti trattati
lezioni in PDF
 
Giovedì   16 aprile 2009

Lezione 1

09.30-10.15

Introduzione alla bioinformatica

Archiviazione dati

- Dispensa I
- Errata corrige disp.I
Giovedì   23 aprile 2009

Lezione 2

09.30-10.15

Database: organizzazione, formato

flat-file, tabelle, database relazionali

Esercizio DB dischi musicali
- Dispensa II
- Argomenti dispensa I e II
Giovedì   30 aprile 2009

Lezione 3

09.30-10.15

Database biologici, ricerche nei database ENTREZ EMBL-EBI.
Struttura di articoli scinetifici, MedLine, Mesh, PubMed.
- Dispensa III
- Esercizio traduzione
Giovedì   7 maggio 2009

Lezione 4

09.30-10.15

Le principali molecole biologiche: proteine e acidi nucleici, costituzioe e loro rappresentazione.
Cenni su duplicazione del DNA, trascrizione e traduzione.
Il codice genetico. 
- Dispensa IV
Giovedì   14 maggio 2009

Lezione 5

09.30-10.15

Genomi e genomica.
Esoni, introni, splicing degli introni.
Cenni su splicing alternativo, promotori.
Traduzione in silico.
Introduzione ai Database primari (GenBank, EMBL, DDBJ).
 
Venerdì   15 maggio 2009
(In sostituzione del prof. Stoianov)

Lezione 6

10.30-11.15

Sistemi di interrogazione dati (ENTREZ, SRS).
Interrogazione al database 'Nucleotide' e relativi dati ottenuti.
Struttura di un record 'Nucleotide' (campi principali ID,AC,cross-link a pubmed, FT con i 'sottocampi' gene, UTR CDS e cross-link ad altri database).
Databse derivati: RefSeq, Unigene, Gene.
Cenni sui domini proteici e relativo database Pfam.
database OMIM (malattie genetiche); Gene Ontology, HUGO, Taxonomy.
- Dispensa V
Giovedì   21 maggio 2009

Lezione 7

09.30-10.15

Ricerca per similarità.
cenni su evoluzione genica (duplicazione e mutazioni puntiformi, delezioni, inserzioni).
Omologia e geni omologhi, analogia e similarità.
Allineamento di sequenze: programmi grafici (Dot Matrix).
programmi che usano algoritmi di ricerca: criterio di similarità, score e matrici di sostituzione.  
- Argomenti trattati dispense III,IV,V

- bozze esercizi
Giovedì   28 maggio 2009

Lezione 8

09.30-10.15

Allienamento globale e locale.
Ricerca di similarità di sequenze all'interno di dabatase.
Blast (blastn, blastp, blastx, tblastx).
Allineamento di sequenze con Blast online (analisi dei dati che si ottengono).
Cenni su multiallineamento (ClustalW).
Visualizzazione di allineamenti grafici di interi genomi (Genome Browser).  
 

 

LABORATORIO BIOINFORMATICO
Aula Bioinformatica 'Ex Taliercio' presso il Dipartimento di Matematica raggiungibile da via Belzoni o via Paolotti
link alle esercitazioni
Giorno
Esercitazione
Martedì 12 maggio 2009
14.15-18.15
I turno
Esercitazione 1
Venerdì 15 maggio 2009
14.15-18.15
II turno
     
Giovedì 21 maggio 2009
(Attenzione è stata cambiata la data,
era prevista Martedì 19)

14.15-18.15
I turno
Esercitazione 2
Venerdì 22 maggio 2009
14.15-18.15
II turno
     
Martedì 26 maggio 2009
14.15-18.15
I e II turno
Esercitazione 3
     
Venerdì 5 giugno 2009
14.15-18.15
Attenzione è stata cambiata la data prevista
(era il 2 giugno: festa della Repubblica)
I e II turno
Esercitazione 4