SCIENZE MATEMATICHE, FISICHE, NATURALI (UOI)
Università degli studi di Padova
Laurea di primo livello in Biologia Molecolare
       
Insegnamento INFORMATICA e BIOINFORMATICA
(parte Bioinformatica)

Docente: Prof. Ivano Zara;
Didattica di supporto Dott.ssa Chiara Gardin

Parte Informatica Docenti: , Prof. Da SanMartino Prof. Ivilin Stoianov



Calendario delle lezioni (anno accademico 2011-2012)
Complesso didattico "Vallisneri" Via Colombo, 3
Aula G Pr
Giorno
Lezione
Argomenti trattati
lezioni in PDF
 

Lunedì 7 maggio

12.30 - 13.15

Lezione 1

 

Introduzione alla bioinformatica

Archiviazione dati

Dispensa I

Martedì 8 maggio

9.30 - 10.15

Lezione 2

 

Database: organizzazione, formato

flat-file, tabelle, database relazionali


Dispensa II

Martedì 8 maggio

10.30 - 11.15

Lezione 3

 

Database biologici, ricerche nei database ENTREZ EMBL-EBI.
Struttura di articoli scinetifici, MedLine, Mesh, PubMed.

Lunedì 14 maggio

DA RIVEDERE

10.30 - 11.15

Lezione 4

 

Introduzione alle principali molecole biologiche.
Acidi nucleici e proteine, costituzione e loro rappresentazione.
Cenni su duplicazione del DNA, trascrizione e traduzione.
Sequenze codificanti, 5'UTR, 3'UTR e cenni su promotori.
Il codice genetico.

Martedì 15 maggio

9.30 - 10.15

Lezione 5

 

Esoni, introni, cenni su splicing degli introni e splicing alternativo.
Traduzione in silico.
Seqeunziamento DNA e assemblaggio


Martedì 15 maggio

10.30 - 11.15

Lezione 6

 

Introduzione ai Database primari (GenBank, EMBL, DDBJ). Sistemi di interrogazione dati (ENTREZ, SRS).
Interrogazione al database 'Nucleotide' e lettura dei relativi dati ottenuti.
Struttura di un record 'Nucleotide' (campi principali e cross-link ad altri database).

Martedì 22 maggio

9.30 - 10.15

Lezione 7

 

Database derivati: RefSeq, Unigene, Gene.
Cenni sui domini proteici e relativo database Pfam.
database OMIM (malattie genetiche); Gene Ontology, HUGO, Taxonomy.
Ricerca per similarità.
cenni su evoluzione genica (duplicazione e mutazioni puntiformi, delezioni, inserzioni).
Omologia e geni omologhi, analogia e similarità. Visualizzazione di allineamenti grafici di interi genomi (Genome Browser). 
Allineamento di sequenze: programmi grafici (Dot Matrix).
programmi che usano algoritmi di ricerca: criterio di similarità, score e cenni sulle matrici di sostituzione.  

Martedì

10.30 - 11.15

Lezione 8

 

Allienamento globale e locale.
Ricerca di similarità di sequenze all'interno di dabatase.
Blast (blastn, blastp, blastx, tblastx).
Allineamento di sequenze con Blast online (analisi dei dati che si ottengono).
Cenni su multiallineamento (ClustalW).



 
Martedì

Esercizitazione

 



 
 

 

Didattica di supporto
Dott.ssa Chiara Gardin

Prime due esercitazione in laboratorio informatico CIV (Vallisneri)

La altre due in Aula Bioinformatica 'Ex Taliercio' presso il Dipartimento di Matematica raggiungibile da via Belzoni o via Paolotti


Studenti suddivisi per turno

link alle esercitazioni

Giorno
Turno
Esercitazione
Martedì 15 maggio 14.15 - 18.15
turno B
Esercitazione 1
Mercoledì 16 maggio 14.15 - 18.15
turno A
     
Martedì 22 maggio 14.15 - 18.15
turno A
Esercitazione 2
Mercoledì 23 maggio 14.15 - 18.15
turno B
     
Martedì 29 maggio 14.15 - 18.15
turni A e B
Esercitazione 3
     
Martedì 5 giugno 14.15 - 18.15
turno A e B
Esercitazione 4