Esercitazione 1: Ricerche bibliografiche con PubMed e CAB

Consultare la pagina "Banche dati" prima di cominciare l'esercitazione. Questa pagina contiene un elenco abbastanza completo delle principali risorse bioinformatiche. Usatelo come fosse un elenco telefonico di siti, quando vi serve un indirizzo. Come già accennato nella home di questo sito, usate le schede di Firefox, tenendo aperta questa pagina....

attenzione Rispondere alle domande proposte in un file da salvare nella propria home, chiamandolo "es1_nome_cognome.txt". Usare un programma per creare testi che trovate nel menu Applicazioni -> Accessori -> Editor di Testo. Salvate subito il file chiamandolo come già detto, e salvatelo periodicamente per non perdere le risposte in caso di blocco del computer. Mettete il numero prima di ogni risposta e non centellinate i caratteri (es: "La rivista è consultabile in rete d'ateneo", non limitatevi a rispondere "Si").

PubMed tutorial

Dal sito dei tutorial di PubMed (link) seguitene alcuni, in particolare tutti quelli sulle ricerche in PubMed (Searching PubMed) e possibilmente quelli sulle ricerche lessicali con MeSH. Questi tutorial insegnano a formulare bene le query (ricerche) in PubMed, e sono quindi importanti per proseguire bene l'esercitazione.

Ricerche bibliografiche

1) Risalire al nome completo della rivista: Ann. Entomol. Soc. Am.
1a) Inoltre verificare se è accessibile da rete
1b) In che anno è iniziata la pubblicazione (cartacea)?

2) Risalire al nome completo della rivista: PNAS
 2a) Inoltre verificare se è accessibile da rete.
 2b) Accedete alla home page della rivista. Cercate tramite il sito un articolo su un argomento di vostro interesse. Riportate nel vostro file la query effettuata ed il titolo dell'articolo che, dalla lista dei risultati, vi sembra più interessante.

3) Accedere con PubMed alla lista di pubblicazioni del Dott. Stefano Campanaro dell'Università di Padova. Nota: solo da pochi anni PubMed registra il nome proprio degli autori, quindi è preferibile cercare "Campanaro S" piuttosto che "Campanaro Stefano", altrimenti le pubblicazioni più vecchie non verrebbero mostrate. Provate nei due modi e riportate il numero di articoli che appaiono in un modo e nell'altro. 
  3a) Dalla lista degli articoli selezionatene uno di quelli accessibile liberamente e riportatene titolo e lista di autori nel vostro file.

4) Utilizzare il Sistema Bibliotecario Ateneo  (http://www.cab.unipd.it/)
 4a) Vedere se la rivista Cell è consultabile in rete d'ateneo. Provate a vedere lo stesso anche per PNAS.
 4b) Dal catalogo on line di ateneo cercare se è disponibile in biblioteca la versione cartacea dell'articolo "ON THE NATURE OF ALLOSTERIC TRANSITIONS" di Monod ed altri. E' possibile reperire maggiori informazioni (es: in che anno è stato scritto ed in che rivista è stato pubblicato) sull'articolo tramite PubMed, e poi utilizzarle per verificare nel sistema d'ateneo se la rivista è disponibile. Riportate nel file se è presente, ed in che biblioteca/che si può trovare.

5) Ricercare un articolo in PUBMED rispettando le fasi sotto elencate:

P.S.: Durante la ricerca ricordate di utilizzare gli operatori booleani (AND, OR...) e i limiti. 

  5a) Riportate la query che avete formulato.
  5b) Quanti articoli vengono trovati? Ce ne sono di accessibili liberamente? Quanti?

6) Batteri piezofili
Adesso provate voi a cercare gli articoli su un batterio adattato alle alte pressioni (piezofilo), Photobacterium profundum.

  6a) Quanti articoli ottenete? Sono presenti articoli pubblicati sulla rivista "Science"? Quanti?
  6b) Limitate la ricerca alle sole review. Quante ne sono state pubblicate fino ad oggi? Se effettuate la ricerca con una query più di ampio respiro (ad esempio "piezophiles OR piezophilic"), quante review trovate?

Confronto tra record NCBI ed EMBL

Due sistemi di ricerca in banche dati nucleotidiche spesso utilizzati sono SRS di EBI ed Entrez dell'NCBI. Nel caso di EBI per cercare un record si inserisce una query nella maschera "Quick Text Search", mantenendo selezionato "nucleotide" come tipo di query. Una volta visualizzato l'elenco di record, si clicca su quello di interesse. E' utile visualizzare il record come Text Entry, non come EmblEntry (dal link in alto a sinistra). 
Vi proponiamo di controllare la struttura dei record in queste due banche dati, per capire le informazioni che è possibile ottenere. 

 7a) Cosa significa CDS? Che utilità ha?
  7b) E' possibile avere più CDS in un unico record? Perché?
  7c) Provate a confrontare i due record. Quale dei due database è secondo te più ricco di informazioni? Quale il più agevole da leggere?

Taxonomy Browser

Questo database contiene il nome di tutti gli organismi rappresentati nei database genetici dei quali sia stata depositata almeno una sequenza nucletodica o proteica. Grazie ad esso, si può anche risalire alla struttura tassonomica o recuperare i dati di sequenza per un particolare gruppo di organismi, o molto più semplicemente risalire al nome scientifico di un organismo di nostro interesse.

Provate ad esempio a risalire al nome scientifico del pomodoro (tomato) e della vite (wine grape).
  8) Quali sono?

2CAN, un sito introduttivo

Questo sito fornisce delle informazioni brevi e concise, ma comunque rigorose, su concetti chiave della Biologia cellulare e molecolare ed anche della Bioinformatica, con lo scopo principale di renderle comprensibili a tutti .
  9) Ad esempio, con il glossario, messo qui a disposizione, provate a risalire alla definizione di gene e poi di TATA box. Riportatela in italiano nel vostro file. Nel caso della TATA box scrivete, con parole vostre, a cosa serve.