Elenco banche dati

Banche dati bibliografiche

Differenza tra PubMed e Medline: MedLine è il database di NLM delle citazioni su riviste e abstract che copre 4800 riviste pubblicate negli USA e in altri 70 paesi a partire dal 1950. Per poter accedere a Medline tramite web si utilizza PubMed. Oltre a fornire accesso a Medline, Pubmed fornisce accesso ad altre info (citazioni fuori argomento)

Ricerche bibliografiche

Banche dati acidi nucleici

Banche dati primarie:

Banche dati genomiche:

Banche dati derivate: malattie genetiche

    FAQ: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/omimfaq.html
    esempio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/omimhelp.html#QuickstartTutorial
 

Banche dati di geni e trascritti

Banche dati di mutazioni e polimorfismi

Banche dati di regioni funzionali

Banche dati di sequenze proteiche

Banche dati di domini proteici

Banche dati di strutture proteiche

Banche dati mitocondriali

 Sistemi di interrogazione per banche dati biologiche


SRS (Sequence Retrievel System): http://srs.ebi.ac.uk

Consente di interrogare contemporaneamente più banche biologiche. Sfruttando i meccanismi di cross-referencing consente la navigazione tra banche di dati differenti. Può essere installato su qualsiasi server e può essere integrato con altre banche dati. Una volta scelte la/le banche dati si può fare l'interrogazione con le
- Standard Query Form: la relativa Query Page consente di selezionare i dati impostando 4 differenti criteri usando AND, OR, BUT NOT. All'interno di ciascun criterio è possibile selezionare più valori combinandoli con '&' (AND), '|' (OR), '!' (BUT NOT)
- Extended Query Form: si adatta agli attributi delle banche prescelte. Consente di utilizzare tutti i criteri possibili di selezione che accumunano tali banche utilizzando gli stessi operatori della Standard Query Form.
Dal menù View è possibile selezionare le banche e i campi desiderati da visualizzare
Si possono salvare i dati sul proprio PC con lo stesso criterio adottato per la visualizzazione.
Altre funzioni di SRS:
Result: si visualizzano i risultati delle varie selezioni fatte in una sezione.
Link: si ottengono dati presenti in altre banche correlati ai dati alla query prescelta
Launch: (non sempre presente) consente di applicare programmi di analisi ai dati di sequenza associati alla query (Blast, Fasta, Clustaw, ecc)
Projects: consente di salvare in un file tutte le fasi delle sessioni SRS per poi riutilizzarlo in sessioni successive consentendo di aggioranre i dati associati al progetto previa selezione dalla top page delle banche dati coinvolte.


Entrez: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/

Ricerca ed estrazione dei dati da bache dati di sequenze nucleotidiche o proteiche, dalla banca dati bibliografica Medline, dalla banca dati delle malattie mendeliane OMIM o da risorse genomiche. Possibilità di esplorare ogni altra banca sviluppata all'NCBI (es. la classificazione degli organismi riportata in Taxonomy [Taxonomy Browser])
A differenza di SRS, Entrez è una shell chiusa, non è possibile scaricare il software che gestisce il sistema, quindi non è possibile duplicare Entrez in altri computer e non è possibile integrarlo con dati personali.
Ricerca dati previa scelta della categoria: nucleotide, protein, PubMed, genomes ecc.) usando gli operatori booleani.
La ricera può essere ottimizzata mediante la funzione Limits che consente di limitare la ricerca a solo alcuni criteri o a sottoinsiemi selezionati di dati.
Consente di effettuare una navigazione fra le diverse banche disponibili.
Con il comando History si visualizzano tutte le query selezionate nell'ambito di una categoria di dati (nucleotide, protein, ecc)
I dati ottentuti e associati a ciascuna query possono essere visualizzati e salvati sul proprio PC.
 

Risorse genomiche integrate

ENSEMBL
http://www.ensembl.org
Raccolta e annotazioni di dati genomici:
- umano
- topo
- pesce zebra
- Anopheles gambiae
Riporta dati sul mappaggio dei geni e polimorfismi
È possibile visualizzare ed estrarre dati relativi ai geni come i suoi trascritti, le sue proteine, domini funzionali delle proteine, mutazioni o SNPs e correlazione con le malattie genetiche.
E' possibile effettuare una ricerca di similarità con una sequenza mediante BLAST i cui risultati sono visualizzati sui cromosomi con differenti colori.
I dati presenti in Ensembl possono essere completamente scaricati in locale

GENOME BROWSER: UCSC, GBrowse, ..

Gene Ontology: vocabolario descrittivo controllato delle funzioni molecolari, dei processi metabolici e delle localizzazioni cellulari di ciascun gene e del suo prodotto indirizzo. http://www.geneontology.org/