Università degli studi di Padova
Laurea di primo livello in Biologia Molecolare
Insegnamento INFORMATICA e BIOINFORMATICA
(parte Bioinformatica)
Docente: Prof. Ivano Zara;
Didattica di supporto Dott.ssa Chiara Gardin
Parte Informatica Docenti: , Prof. Da SanMartino Prof. Ivilin Stoianov
Calendario delle lezioni (anno accademico 2011-2012) Complesso didattico "Vallisneri" Via Colombo, 3 Aula G Pr |
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Giorno |
Lezione |
Argomenti trattati |
lezioni in PDF |
Lunedì 7 maggio 12.30 - 13.15 |
Lezione 1
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Introduzione alla bioinformatica Archiviazione dati |
Dispensa I |
Martedì 8 maggio 9.30 - 10.15 |
Lezione 2
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Database: organizzazione, formato flat-file, tabelle, database relazionali |
Dispensa II |
Martedì 8 maggio 10.30 - 11.15 |
Lezione 3
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Database biologici, ricerche nei database ENTREZ EMBL-EBI. |
Dispensa III |
Lunedì 14 maggio 10.30 - 11.15 |
Lezione 4
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Cenni su duplicazione del DNA, trascrizione e traduzione. Sequenze codificanti, 5'UTR, 3'UTR e cenni su promotori. Il codice genetico. |
Esercizio traduzione
Sample GenBank Record |
Martedì 15 maggio 9.30 - 10.15 |
Lezione 5
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Esoni, introni, cenni su splicing degli introni e splicing alternativo. Traduzione in silico. Seqeunziamento DNA e assemblaggio |
Dispensa IV |
Martedì 15 maggio 10.30 - 11.15 |
Lezione 6
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Introduzione ai Database primari (GenBank, EMBL, DDBJ).
Sistemi di interrogazione dati (ENTREZ, SRS). Interrogazione al database 'Nucleotide' e lettura dei relativi dati ottenuti. Struttura di un record 'Nucleotide' (campi principali e cross-link ad altri database). |
Dispensa V |
Martedì 22 maggio 9.30 - 10.15 |
Lezione 7
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Database derivati: RefSeq, Unigene, Gene. Cenni sui domini proteici e relativo database Pfam. database OMIM (malattie genetiche); Gene Ontology, HUGO, Taxonomy. Ricerca per similarità. cenni su evoluzione genica (duplicazione e mutazioni puntiformi, delezioni, inserzioni). Omologia e geni omologhi, analogia e similarità. Visualizzazione di allineamenti grafici di interi genomi (Genome Browser). Allineamento di sequenze: programmi grafici (Dot Matrix). programmi che usano algoritmi di ricerca: criterio di similarità, score e cenni sulle matrici di sostituzione. |
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Martedì 22 maggio 10.30 - 11.15 |
Lezione 8
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Allienamento globale e locale. Ricerca di similarità di sequenze all'interno di dabatase. Blast (blastn, blastp, blastx, tblastx). Allineamento di sequenze con Blast online (analisi dei dati che si ottengono). Cenni su multiallineamento (ClustalW). Riassunto lezioni dispense III, IV e V |
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| Martedì | Esercizitazione
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Esercizi
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Didattica di supporto Prime due esercitazione in laboratorio informatico CIV (Vallisneri) La altre due in Aula Bioinformatica 'Ex Taliercio' presso il Dipartimento di Matematica raggiungibile da via Belzoni o via Paolotti 
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Studenti suddivisi per turno
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Giorno
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Turno
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Esercitazione
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| Martedì 15 maggio 14.15 - 18.15 |
turno B
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Esercitazione 1 |
| Mercoledì 16 maggio 14.15 - 18.15 |
turno A
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| Martedì 22 maggio 14.15 - 18.15 |
turno A
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| Mercoledì 23 maggio 14.15 - 18.15 |
turno B
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| Martedì 29 maggio 14.15 - 18.15 |
turni A e B
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| Martedì 5 giugno 14.15 - 18.15 |
turno A e B
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